Il ritrovamento (1822) di una lapide sotto l’altare fa supporre che la chiesa sia sorta sui resti di un tempio romano dedicato alla dea Diana. L’isolato che comprende p.zza Molineris, Via S.Pietro, Via S. Francesco e p.zza Misericordia è indicato essere tra i primi nuclei di insediamento in Savigliano.
La tradizione vorrebbe il monastero fondato da San Fausto nel 585.
Risale al 1028 la rifondazione e ricostruzione del complesso che diviene in breve un centro religioso ed amministrativo di grande importanza per Savigliano ed il basso Piemonte; la chiesa viene costruita in stile romanico a tre navate con direzione est-ovest, accostata a nord al chiostro secondo la usuale disposizione medievale.
Dal 1434 al 1436 il suo prestigio non solamente religioso le permise di ospitare l’Università. Nel 1599 l’architetto Ercole Negri di Sanfront opera un generale intervento di ristrutturazione, dando alla chiesa l’aspetto architettonico attuale, di gusto manierista.
Dal 1722 al 1726 si costruisce il poderoso campanile, attribuito a Francesco Gallo, in sostituzione del precedente documentato dal 1329.
La facciata risale al 1822 ed ospita ancora tre pregevoli portali marmorei chiusi da tre portoni cinquecenteschi dei Botto.
L’armonioso, razionale chiostro viene iniziato sul precedente nel ‘500, continuato nel 1600 ed ultimato nel 1621.
Molte le testimonianze artistiche custodite all’interno della Chiesa. A Gandolfino da Roreto si deve l’imponente polittico absidale (1510), Giovanni Antonio Molineri i due affreschi del presbiterio raffiguranti il Martirio di San Paolo ed il Martirio di San Pietro (1621) nonché il San Gerolamo, opera tarda dell’artista. A Pietro Botto è attribuito lo splendido trittico scultoreo del Cristo Crocefisso con la Vergine e San Giovanni come pure i raffinati stalli del coro (1630) e l’armadio della Sacrestia (1629-30). Le grottesche absidali sono opera della scuola dei Dolce. Ai lati del presbiterio si trova il coro dei fratelli Tiffner (1649-54). Nella chiesa sono anche ospitate la lapide romana della "gens Gavia", tra i più importanti reperti di periodo romano ed un pregevole fonte battesimale del 1498.
